《忍者神龟传》是一款美式风格的动作过关类游戏。玩家将操纵机智勇敢的神龟忍者为了拯救同伴和恩师，深入曲折幽暗的纽约地下水道，神秘恐怖的机械兵工厂中，展开惊险刺激的冒险之旅；最终驱除邪恶成为维护和平与主义的孤胆英雄。
某天晚上，多纳泰罗开车出去采购匹萨饼，在返回途中接到呼救信号，但是当他和其他伙伴联络时却没有回应。
多纳泰罗匆忙赶回家才发现家中一片狼藉，伙伴和老师都不见了，但是留下了打斗痕迹和机器碎片。
预感到不妙多纳泰罗连忙出去寻找其他伙伴的踪影……
【第1章】
多纳泰罗：家里进贼了么？喂~！怎么没人说话？麦克朗基罗，拉斐尔你们在哪里？！啊~！多纳泰罗：这是来昂那多留下的记号！原来又是斯雷德这个大坏蛋搞的鬼！这次我可真被惹火了，兄弟们，我来救你们了。
面前有2块档路的大石，按5键可以击碎它们，之后有一面高墙，按3键轻松翻越过去。接下来是一个狭窄的过道，必须蹲下才可以通过，注意身后的怪物，通过后会发现一个匹萨，可以回复一定血量。继续向前，击碎3块大石后，出现一群敌人，合理利用飞踢便可轻松过关。然后沿着柱子向上爬，在一台电脑前输入密码，底下的大铁门就打开了，进入后开始第2章。
【第2章】
多纳泰罗沿着来昂那多留下的痕迹，一路追来；但是记号却在一处下水道洞口前消失了。
这里就是关押海龟们的牢房么？
抑或是斯雷德故意布下的陷阱？
但多纳泰罗知道，为了解救危在旦夕的兄弟和老师，他已别无选择，前进！
一路向前，下水道边埋伏有一群黑衣人，要小心。来到一扇关闭的铁门前，进入下一场景。进入下水道后，记得要避开火箭的攻击。左下角发现敌人的踪迹，打败他后从铁门进入场景三。这里有2个陷阱，最好用飞踢跳开，否则掉下去挺麻烦，走到底后进入第3章。
